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[R语言] R语言 画曼哈顿图 修正版1.1_r语言 曼哈顿图

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发表于 2016-12-21 17:33:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
R语言 画曼哈顿图 修正版1.1,最新版本:https://github.com/KehaoWu/Rmanhattanplot, ,请使用以上链接提供的最新版本代码。,,
国庆前写了个为GWAS海量数据画曼哈顿图的函数,在后面的测试和使用中有出现了一点点问题,经过国庆的努力后稍作修改,修正了一些bug,主要是在处理数据时会时不时遇到为NA的数据,所以对此进行了一些预处理,保证程序安全和正常运行。,函数代码下载,,代码如下:,

mhtObject
x
mhtplot
{
   
    if(class(data) != “mhtObject”)
       stop(“It is not a S4 class \n”)
     
    if(tlog == TRUE)
    {
       tmp
       data@pvalue
    }
   
   
    f
    colv
    col
    for ( i in 1:ceiling(length(f)/2))
    {
       col[2*i-1]
       col[2*i]
    }
    #col
     col
     maxt
   
   
   
#     plot.new()
     par(bg=bg.col,col.lab=lab.col,col.axis=axis.col,xaxs=”r”)
     par(lab=c(5,5,7))
     plot(rep(maxt,length(data@pvalue)),data@pvalue,type=”n”,xlim=c(0,maxt/10),xlab=”Base Position”,ylab=”P-value”,axes=FALSE)
     axis(1,seq(.5,length(f)-0.5,1),labels=f,tick=FALSE)
     axis(1,seq(0,length(f),1),labels=FALSE)
   
#axis(2,seq(min(data@pvalue,na.rm=TRUE),max(data@pvalue,na.rm=TRUE)+(max(data@pvalue,na.rm=TRUE)-min(data@pvalue,na.rm=TRUE)*0.1),(max(data@pvalue,na.rm=TRUE)-min(x@pvalue,na.rm=TRUE))),lwd=0.5)
if(tlog==TRUE)
{
    axis(2,at=c(0,ceiling(max(data@pvalue,na.rm=TRUE))),lwd=0.5)
    abline(h=7,lty=3,col=”white”)
}
else
{
    abline(h=max(data@pvalue,na.rm=TRUE)*0.95,lty=3,col=”white”)
    axis(2,at=c(0,1),lwd=0.5)

}
   
    for ( i in 1:length(f) )
    {
       k
       n=1
       xt
       for( j in 1:length(k) )
       {
          xt[n]
          n
       }
       points(xt,data@pvalue[data@chr==f],col=col,…)
    }
}
jpeg(width=1000,height=618)
mhtplot(x,pch=20,cex=0.8,tlog=TRUE,bg.col=”light green”)
,
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